Primele volume manuscrise care au intrat în patrimoniul Bibliotecii Academiei Române provin din donații și legate, devenite din ce în ce mai frecvente după anul 1870. Prima donație a fost colecția de manuscrise și cărți vechi dăruită Academiei Române în 1873 de episcopul de Buzău, Dionisie Romano.
Câțiva ani mai târziu, în 1876, Ion Ghica va dona manuscrisele istoricului și revoluționarului Nicolae Bălcescu. Din acest moment, practica donațiilor către Biblioteca Academiei Române devine o obișnuință în rândul cărturarilor români, care își doresc constituirea unui fond național de manuscrise, dar și de alte documente importante pentru patrimoniul românesc. Reprezentativă este donația bibliofilului moldovean Dimitrie C. Sturdza-Scheianul, apoi nenumăratele donații ale lui Dimitrie A. Sturdza, cele ale lui Titu Maiorescu, Barbu Bellu, Gheorghe Rosetti-Roznovanu, Mihail Kogălniceanu, Alexandru Odobescu, Liviu Rebreanu, Cezar Petrescu, toate constând în manuscrise, documente istorice, arhivă, corespondență, cărți românești vechi și cărți străine.
Istoricul fondului de manuscrise al Bibliotecii Academiei Române este legat și de preluarea fondurilor unor importante bibliotecii precum biblioteca mânăstirii Sfântul Sava, biblioteca Mitropoliei de București, renumita bibliotecă a Mavrocordaților și alte numeroase biblioteci monastice.
Constituită în spiritul ideii de reflectare a culturii și științei românești în context sud-est european și universal, colecția de manuscrise are o deosebită valoare științifică și documentară, indispensabilă pentru cunoașterea istoriei spațiului românesc, dar și a celui balcanic și a sud-estului Europei.
În cadrul colecției de manuscrise, fondul românesc este cel mai bogat, însumând peste 6000 de volume. Urmează, în ordinea importanței: fondul grec, cu 1569 de volume, fondul slavon, cu aproape 900 de volume, fondul oriental, reprezentat de 420 de volume, și fondul occidental, cu 1000 de volume, în cadrul căruia fondul latin este cel mai semnificativ.
Colecția de manuscrise românești a Bibliotecii Academiei Române însumează aproape 6.000 volume și cuprinde cu preponderență texte ale literaturii române vechi.
Colecția de manuscrise grecești a Bibliotecii Academiei Române se situează, ca număr de volume și ca valoare culturală, imediat după fondul românesc. Numărul tomurilor se ridică la 1567, cele mai vechi dintre ele datând din secolul al XI-lea.
Colecția de manuscrise slave a Bibliotecii Academiei numără în prezent 819 volume și alcătuiește un fond de o excepțională valoare și importanță, atât pentru istoria culturii naționale, cât și pentru înțelegerea evoluției culturilor slave vecine, sud-dunărene și estice.
Colecția de manuscrise orientale a Bibliotecii Academiei Române conține 420 de volume în limbile persană, turcă, armeană și ebraică, aparținând unor domenii diferite.
Colecția de manuscrise occidentale a Bibliotecii Academiei Române, cu o reprezentare mai puțin numeroasă, reunește manuscrise în limbile latină, franceză, italiană, germană, spaniolă și engleză.