Victor Babeş s-a născut în 1854 la Viena. A fost fiul lui Vincenţiu Babeş, originar din Banat. A studiat medicina la Budapesta, apoi la Viena, unde şi-a luat doctoratul.

Babeş îşi începe cariera ştiinţifică în Budapesta ca asistent în laboratorul de Anatomie Patologică (1874 – 1881). În urma descoperirilor lui Louis Pasteur, este atras de microbiologie şi pleacă la Paris unde lucrează un timp în laboratorul lui Pasteur, apoi cu Victor Cornil. Împreună cu acesta publică primul tratat de bacteriologie intitulat Les bactéries et leur rôle dans l’anatomie et l’histologie pathologiques des maladies infectieuses (1885).

În anii 1885 – 1886 lucrează în Berlin în laboratoarele lui Rudolf Virchow şi Robert Koch.
În 1881 primeşte titlul de profesor asociat (doctor-docent) iar în 1885 postul de profesor de Histopatologie la Universitatea din Budapesta.
În 1887 Victor Babeş este chemat la Bucureşti ca profesor la catedra de Anatomie Patologică şi Bacteriologie.