Acest excepțional fond de manuscrise bizantine s-a constituit pornind de la cele câteva volume provenind din biblioteca Academiei Domnești de la Sf. Sava, care a jucat în secolul al XVIII-lea rolul de „centru intelectual al întregului Răsărit european“. Lor li s-au adăugat donații făcute de diverse personalități, precum Melchisedec Ștefănescu, D. Sturdza-Scheianu, C. Erbiceanu, Nicolae Iorga (manuscris 934), achizițiile directe, precum și transferul colecțiilor Muzeului de Antichități și ale Seminarului Central, în urma deciziilor Ministerului Cultelor și Instrucțiunii Publice, la începutul secolului XX.

Secolele XVII-XVIII – limba greacă este limbă a elitelor culturale și sociale

În aceste două secole, în spațiul românesc limba greacă înlocuiește slavona și devine limbă a culturii și învățământului, un element obligatoriu în bagajul de cunoștințe și informație al oricărui cărturar sau nobil școlit. Domnitorii și boierii români își fac studiile în limba greacă la Academia Patriarhiei Ortodoxe din Constantinopol, aduc călugări greci în mănăstiri pentru a preda în greacă literatură și diverse științe, înființează mari Academii domnești, cu funcție de universități, în care vor preda dascăli și învățați greci. Tot în această perioadă sporește emigrația greacă spre Țările Române.

Răspândirea limbii grecești este evidențiată și de cataloagele marilor biblioteci particulare ale epocii, biblioteca stolnicului Constantin Cantacuzino de la Mărgineni și biblioteca lui Nicolae Mavrocordat, care recuperează impresionantul fond de manuscrise și de tipărituri al Cantacuzinilor și îl înglobează apoi bibliotecii de la Mănăstirea Văcărești, toate găsindu-și locul în fondul patrimonial al Bibliotecii Academiei Române.

Astfel, manuscrisele din secolele al XVII-lea și al XVIII-lea constituie un grup masiv în cadrul fondului de manuscrise grecești, iar varietatea textelor ilustrează structura programelor școlare după care au funcționat vechile academii. Se regăsesc în acest impresionant fond cărți de istorie și geografie: Istoria Papilor de Platina, tradusă de Ieremia Cacavela (mss 313), jurnalul de călătorie al lui Nicolae Milescu, Itinerar de la Tobolsk … până la hotarele Chinei, copiat pentru stolnicul C. Cantacuzino de Mihail Byzantios, la 1696 (mss 549), căruia i se adaugă mai târziu alte cópii, una de sec. XVIII (mss 154) și una de sec. XIX (mss 3), două cronici cu însemnări ale lui Hrisant Notara: Cronica lui Mihail Glykas, copie de la 1698 (mss 580) și o cronică de la Facerea Lumii până la căderea Constantinopolului (mss 386), Istoria Țării Românești a banului Mihai Cantacuzino (mss 42), Istoria de la început a sultanilor Turciei, (mss 970), Istoria Daciei, compusă de Teodor Fotino din Hios, la 1795 (mss 972).

Alte manuscrise importante sunt Hrismologhionul (mss 386) lui Paisie Ligaridis, care oferă date interesante pentru istoria culturii române și pentru istoria Constantinopolului, lucrările de filozofie, fizică, științe ale limbii scrise de savantul Theophilos Coridaleos. Într-o scurtă trecere în revistă: Introducere în filosofie, 1697 (mss 674), cu numeroase cópii, Tratat de logică, din 1725 (mss442), Tratat de fizică, 1733 (mss 430), Carte despre suflet, 1745 (mss 48), comentarii la Metafizica lui Aristotel, cópii de secol XVIII (mss 431, 522), Tratat de retorică, în numeroase cópii (manuscrisele 247, 312, 397, 458, 82), Despre cer (mss 1318).

Reprezentative pentru valoarea documentară a fondului grecesc sunt manuscrisele eruditului iluminist Vikentios Damodos (peste 140 de scrieri, între care Tratatul de metafizică, mss  61, 344 și Tratatul de retorică, mss 46, 547 și  687), ale filozofolui umanist Justus Lipsius (Despre statornicie / De constantia, mss 28) ale, savantului român Alexandru Mavrocordat Exaporitul (Tratat despre naștere și pieire, mss 405, Istoria romană, mss 700) sau ale fiului său Nicolae Mavrocordat (Despre datorii / De officiis, mss 387).

O altă categorie semnificativă ca pondere și valoare în repertoriul fondului grecesc de manuscrise este constituită de lucrările privind arta oratoriei și științele limbii, Scurtă introducere în limba arabă (mss 58), Gramatică italiană (mss 631), Manual de stilistică și frazeologie greacă (mss 40), Frazeologie greco-elină (mss 310), Reguli retorice pentru predicatori (mss 596), Dicționar greco-elinesc (mss 385), Vocabular greco-turc (mss 553 și 526).

Științele exacte sunt reprezentate de lucrări precum Elemente euclidiene ale geometriei, Carte numită despre compasul analogic, tratat de geometrie (mss 434), Tratat de geometrie și trigonometrie (mss 740), Rezumat al elementelor lui Euclid (mss 438) ale profesorului Nekiphoros Theotokis.

Scrierile parenetice eline și bizantine, de tip speculum regis, și literatua antică, mai ales scriitorilor clasici, greci și latini, ale căror opere sunt adesea transcrise, îmbogățesc colecția. Între acestea: Homer, Iliada, 1783 (mss 24), Pindar, Ode, 1670 (mss 546), Aristofan, Păsările (mss 1239), Pitagora, Versurile de aur (mss 167), Esop, Fabule (mss 242, 511, 542, 591, 864, 1024, 1242), Epictet, Manual (mss 31, 78), Teofrast, Caractere (mss 78, 452), Plutarh, cópii ale scrieri sale cu caracter educativ, moralizator: Despre ascultare, Despre curiozitate (mss 42,16, 56, 322, 1027), Ovidiu, Metamorfoze (388). Acestora li se adaugă traducerile în greaca modernă a unor autori bizantini, precum Eustathios Makrembolites (sec. XII), sau autori moderni, din sec. XVII-XIX, ilustrând cele mai importante curente ale perioadei, clasicismul, barocul, iluminismul și începuturile romantismului: Baltazar Gracian, El Criticon, tradus în numeroase variante și sub mai multe titluri: Cel scăpat de înșelăciune (mss 62, 1206) sau Istoria lui Critil și Androniu (mss 88), John Barclay, Argenis (mss 605), Giovanni Francesco Loredano, Jocurile fantaziei (mss 1001), Racine, Alexandru cel Mare (mss 1076) și Voltaire, Scoțiana (mss 1077), Rétif de la Bretonne, Pierderea onoarei din pricina dragostei, Ucenicul de prăvălie, Tânărul provincial (mss 1080-1082).

Textele religioase, biblice, dogmatice sau liturgice, alcătuiesc și pentru aceste două secole un grup consistent. Se copiază și se transmit astfel cărțile Vechiului Testament (mss 694), Evangheliile (695, 353) , Psalmii (mss 319, 703, 205), scrierile fundamentale ale marilor teologi, precum Ioan Chrisostomul, Grigorie Teologul, Vasile cel Mare, Ioan Damaschin, Isaac Sirul, Chiril al Alexandriei, Sf. Augustin.

Nu pot fi omise câteva lucrări de drept civil şi bisericesc, de la cele mai vechi, precum Nomocanonul lui Manuil Malaxos, (mss 307, 331, 126, 1314) sau Nomocanonul lui Matei Vlastaris (mss 128, 22, 51), până la texte mai noi, aşa cum sunt colecția de legi a lui Mihail Fotino (mss 20, 21, 122, 378, 1195, 1196) şi Nomocanonul lui Neofit Cavsocalivitul, operă impresionantă, de mari dimensiuni, dar şi de mare erudiție (mss 222, 988).

O mențiune aparte trebuie făcută pentru cele câteva manuscrise conținând culegeri de corespondență purtată de domnitori, conducători ai bisericii, diverse alte personalități, documente originale, autografe, excepționale prin conținut şi formă. În voluminosul manuscris 974 sunt strânse 210 scrisori, unele semnate de: Şerban Cantacuzino, Constantin Brâncoveanu, Alexandru şi Nicolae Mavrocordat, Duca-vodă, Constantin, Antioh şi Dimitrie Cantemir, Mihail Racoviță, Dositei, Patriarhul Ierusalimului, Partenie al Alexandriei, Chiprianos al Constantinopolului, Ioan Cariofil, Paisie Ligaridis, Ioan Comnen, Mitrofan Gregoras.

Nu poate fi trecută cu vederea valoarea artistică excepțională a câtorva dintre manuscrisele colecției. Ele constituie adevărate obiecte artistice, remarcabile prin frumusețea miniaturii şi arta caligrafică, dar şi prin legăturile vechi, originale, bizantine sau de influență bizantină, influență observabilă până târziu în secolul al XVIII-lea.

Valoarea artistică şi documentară a numeroase manuscrise este oferită şi de legăturile originale, păstrate integral sau fragmentar. Ele conservă astfel informații inestimabile despre tehnica realizării manuscriselor, pornind de la alcătuirea şi dimensionarea caietelor, coaserea şi asamblarea acestora cu tăbliile, realizarea capital bandului şi ornamentarea îmbrăcăturii de piele.